Aktivačné nádrže to je hlavná časť (srdce) čistiarne. Tu žije aktivovaný kal, tu zbavuje vodu organického znečistenia aj tzv. nutrientov. To sú zlúčeniny dusíka a fosforu, ktoré spôsobujú vo vodných tokoch nadmerný rast rias.

Mechanicky predčistená voda sem priteká a je rovnomerne rozdelená rozdeľovacím objektom do oboch nádrží. Obehové sa nazývajú preto, lebo v nich voda obieha dokola. Toto prúdenie je zabezpečované miešadlami umiestnenými na dne nádrží. Miešadlá majú priemer vrtule 2,5 m a nádrž je hlboká 5,8 m. Miešadlá zabezpečujú aj dokonalé premiešanie vločiek aktivovaného kalu s odpadovou vodou.

Kal pre svoj život aj pre zabezpečenie odstraňovania organického znečistenia (čiže jeho oxidáciu) potrebuje kyslík, ktorý je dúchadlami dodávaný a na dne umiestnenými prevzdušňovacími platňami rozptýlený do bubliniek menších jako 2 mm. Toto sa nazýva jemnobublinná aerácia. V mieste aerácie je nasýtenie vody bublinkami vzduchu také veľké, že zmes vody a vzduchu má oveľa menšiu hustotu a tak by človeka nedokázala niesť a nedalo by sa v nej plávať.

Z týchto aktivačných nádrží je voda odvádzaná do kruhových dosadzovacích nádrží.