Iste všetci tušíme, že biologické čistenie sa asi bude týkať niečoho živého a to je v tomto prípade aktivovaný kal, čo je zmes rôznych živých mikroorganizmov, ktoré sa – jednoducho povedané – živia organickým znečistením vody a tým ju vlastne za pomoci kyslíka čistia.

Biologické čistenie prechádza takisto dvoma fázami. Prvú časť tvoria aktivačné nádrže, kde prebieha vlastné čistenie. V druhej časti prechádza voda do dosadzovacích nádrží, kde sa oddelí kal od vyčistenej vody.