Mikroorganizmy v potravinách môžu pochádzať buď zo suroviny alebo dochádza k mikrobiálnemu znečisteniu suroviny a ostatných látok v priebehu výrobného procesu až po konzumáciu hotového výrobku (kontaminácia alebo rekontaminácia – opakovaná kontaminácia).

Mikroorganizmy môžu pochádzať z prírodných zdrojov:

- pôda – v pôde sa nachádza veľký počet mikroorganizmov, z ktorých mnohé kontaminujú rastliny a živočíchy, najrozšírenejší je rod Arthrobacter

- voda – najdôležitejšou podmienkou rastu mikroorganizmov vo vode je prítomnosť živín. Čím viac je voda znečistená organickými látkami, tým viac obsahuje mikroorganizmov

- ovzdušie – počet mikroorganizmov v ovzduší závisí napr. od vlhkosti vzduchu, od jeho pohybu, lokality, intenzity slnečného žiarenia – priame slnečné lúče zabíjajú mikroorganizmy. Pri styku s potravinami nefajčiť, nejesť, nekýchať a nekašľať, okamžite odstraňovať odpad

- rastliny – mikroflóra rastlín najmä ovocia a zeleniny je veľmi variabilná a najčastejšie sa v nej nachádzajú koliformné mikroorganizmy, baktérie mliečneho kvasenia, zástupcovia rodu Bacillus, kvasinky a plesne. Významný rozdiel je medzi mikroflórou zdravých a narušených plodov. U zdravých plodov sú mikroorganizmy len na povrchu a vnútorná časť je väčšinou sterilná, zatiaľ čo u narušených plodov je obsah mikroorganizmov najmä kvasiniek veľmi vysoký.

- zvieratá – hlodavce, domáce zvieratá, vtáky, hmyz môžu kontaminovať potraviny jednak tým, že sú samotné priamo infikované určitou patogénnou mikroflórou, alebo prenášajú mikroorganizmy končatinami alebo povrchom tela zo znečisteného prostredia (kontajnerov a pod.)

- človek – kontaminuje potraviny buď priamo (rukami) alebo nepriamo (prenášanie baktérií salmonel chorým človekom na pracovné predmety, stoly a z nich na suroviny a potraviny)